安装指南

安装VMD

VMD（Visual Molecular Dynamics）是一个分子可视化程序，主要用于显示、 处理和分析生物分子系统的三维结构，擅长分析和处理分子动力学轨迹。 VMD 由伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的理论与计算生物物理学小组（TCBG）开发和维护。

进入 VMD官方下载页面 ： https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

../_images/VMD_DOWN2024-09-20_171233.419352.png

目前VMD版本已经更新到1.9.4版本，稳定版本是1.9.3。支持3个主流操作系统，windowslinuxMACOS。 官方推荐使用稳定版本 1.9.3， 这边以1.9.3 为例进行介绍。

注解

Version 1.9.3 (2016-11-30) Platforms:

We recommend that all users upgrade to VMD 1.9.3

Windows 平台安装VMD

在下载页面，我们发现有2个windows版本的VMD： 1. Windows OpenGL, CUDA (Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) with OpenGL and CUDA) 2. Windows OpenGL (32-bit Intel x86) (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) using OpenGL)

如果你的计算机有 NVIDIA GPU，并且支持 CUDA，建议选择 Windows OpenGL, CUDA (32-bit) 版本， 以充分利用 GPU强大的计算能力。

注解

如果你不确定是否有 CUDA 支持，安装 CUDA 版本也不会有负面影响，只是它的 GPU 加速功能不会启用。

安装过程：

step1 注册和下载可执行程序vmd193win32cuda.msi vmd193win32cuda.msi

百度网盘下载： 通过网盘分享的文件： vmd193win32cuda 链接: https://pan.baidu.com/s/1a1oQ1SdmHyuS0yEohksu8A?pwd=z4ki

step2 双击程序vmd193win32cuda.msi安装即可。

Linux 平台安装 VMD

在下载页面，我们发现有6个linux版本的VMD：

  1. LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay

    特点: 支持 OpenGL 显示、CUDA GPU 加速、OptiX GPU 光线追踪渲染、OSPRay CPU 光线追踪渲染。这是功能最全的版本，适用于配有 NVIDIA GPU 的系统，能最大限度地利用 GPU 和光线追踪渲染加速。 适合对象: 如果你的系统配有 NVIDIA GPU，并且你需要使用 GPU 加速或光线追踪渲染（如 OptiX 或 OSPRay），请选择此版本。

  2. LINUX_64 Text-mode w/ EGL

    特点: 提供文本模式支持，使用 EGL 来管理无窗口的 OpenGL 渲染。适用于不需要图形界面的计算环境，但仍需要 OpenGL 功能。 适合对象: 如果你使用 VMD 进行命令行操作，但需要 OpenGL 的支持且没有窗口环境（如服务器上），选择此版本。

  3. LINUX_64 Text-mode

    特点: 这是一个仅提供文本模式的版本，专为不需要图形界面的用户设计。 适合对象: 如果你主要在命令行环境下运行 VMD 而不需要图形界面，选择此版本。适用于远程服务器或不依赖 GUI 的情况。

  4. LINUX MIC-AVX512 Text-mode

    特点: 针对 Intel Xeon Phi MIC 架构和 AVX-512 指令集优化，运行于文本模式，并支持 OSPRay 光线追踪。 适合对象: 如果你在 Intel Xeon Phi 微架构上运行，并且不需要图形界面，选择此版本。它利用了 Xeon Phi 的高并行计算能力。

  5. LINUX MIC-AVX512, OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay

    特点: 针对 Intel Xeon Phi MIC 架构的版本，支持 OpenGL、CUDA、OptiX 和 OSPRay，功能最全面。 适合对象: 如果你的系统配备 Intel Xeon Phi 并且需要图形加速、CUDA 支持和光线追踪渲染，选择这个版本。

  6. LINUX OpenPOWER Text-mode

    特点: 针对 IBM OpenPOWER 架构优化的文本模式版本，适用于不需要图形界面的环境。 适合对象: 如果你在 IBM OpenPOWER 系统上运行 VMD 且不需要图形界面，选择此版本。

目前主流的是Intel/AMD 64 位处理器，我们主要使用的就是VMD的图形界面，

因此我们下载 vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz 。

安装过程：

step1 注册和下载可执行程序 vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz 。

百度网盘下载： 通过网盘分享的文件： vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz 链接：https://pan.baidu.com/s/1lJkvGF5t_u_Lz2nj2x37ZQ?pwd=y4h9

step2 解压程序

tar -vxzf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
cd vmd-1.9.3

step3 根据需要修改 configure 文件中的变量install_bin_dir 和 install_library_dir

默认是 $install_bin_dir=”/usr/local/bin” 和 $install_library_dir=”/usr/local/lib/$install_name”

如果你有root权限，希望安装安装的VMD给所有用户使用，则不需要修改configure 文件。

如果你没有root权限，则可以修改按照如下方式修改路径到你用户路径下面，假设用户名是zqchen

$install_bin_dir="/home/zqchen/vmd1.9.3"
$install_library_dir="/home/zqchen/vmd1.9.3/lib/$install_name"

建议使用root 权限安装, 不需要修改configure 文件。

step4 运行 ./confiure 命令生成MakeFile文件

先尝试VMD的基本功能，仅仅配置最LINUXAMD64 必选项

  1. ./confiugre LINUXAMD64。[建议]
  2. 也可以同时配置其他功能，比如PYTHON ./configure LINUXAMD64 PYTHON。
  3. 安装全功能的VMD, ./configure [建议]

第一次使用，可以仅仅配置LINUXAMD64

./configure LINUXAMD64
cd src

注解

在**src文件**下就可以看到MakeFile文件。

step5 安装vmd

sudo make install

step6 配置环境 运行 vmd

添加安装路径 $install_bin_dir 到你的环境变量path中。 默认安装路径在环境变量PATH中。

vmd

我们可以看到VMD正常启动，包含3个窗口： 1. VMD OpenGL Display 窗口 2. VMD Main 窗口 3. VMD 命令窗口。

如下图所示。

../_images/VMDwindows2024-09-22_093428.483961.png