.. _intro-install: ===================== 安装指南 ===================== 安装VMD ===================== VMD（Visual Molecular Dynamics）是一个分子可视化程序，主要用于显示、 处理和分析生物分子系统的三维结构，擅长分析和处理分子动力学轨迹。 VMD 由伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的理论与计算生物物理学小组（TCBG）开发和维护。 进入 `VMD官方下载页面 `_ ： https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD .. image:: /_static/VMD_DOWN2024-09-20_171233.419352.png :align: center 目前VMD版本已经更新到1.9.4版本，稳定版本是1.9.3。支持3个主流操作系统，windows\linux\MACOS。 官方推荐使用稳定版本 1.9.3， 这边以1.9.3 为例进行介绍。 .. note:: Version 1.9.3 (2016-11-30) Platforms: We recommend that all users upgrade to VMD 1.9.3 Windows 平台安装VMD --------------------- 在下载页面，我们发现有2个windows版本的VMD： 1. Windows OpenGL, CUDA (Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) with OpenGL and CUDA) 2. Windows OpenGL (32-bit Intel x86) (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) using OpenGL) 如果你的计算机有 NVIDIA GPU，并且支持 CUDA，建议选择 Windows OpenGL, CUDA (32-bit) 版本， 以充分利用 GPU强大的计算能力。 .. note:: 如果你不确定是否有 CUDA 支持，安装 CUDA 版本也不会有负面影响，只是它的 GPU 加速功能不会启用。 安装过程： step1 注册和下载可执行程序vmd193win32cuda.msi `vmd193win32cuda.msi `_ 百度网盘下载： 通过网盘分享的文件： `vmd193win32cuda `_ 链接: https://pan.baidu.com/s/1a1oQ1SdmHyuS0yEohksu8A?pwd=z4ki step2 双击程序vmd193win32cuda.msi安装即可。 Linux 平台安装 VMD ----------------------- 在下载页面，我们发现有6个linux版本的VMD： 1. LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay 特点: 支持 OpenGL 显示、CUDA GPU 加速、OptiX GPU 光线追踪渲染、OSPRay CPU 光线追踪渲染。这是功能最全的版本，适用于配有 NVIDIA GPU 的系统，能最大限度地利用 GPU 和光线追踪渲染加速。 适合对象: 如果你的系统配有 NVIDIA GPU，并且你需要使用 GPU 加速或光线追踪渲染（如 OptiX 或 OSPRay），请选择此版本。 2. LINUX_64 Text-mode w/ EGL 特点: 提供文本模式支持，使用 EGL 来管理无窗口的 OpenGL 渲染。适用于不需要图形界面的计算环境，但仍需要 OpenGL 功能。 适合对象: 如果你使用 VMD 进行命令行操作，但需要 OpenGL 的支持且没有窗口环境（如服务器上），选择此版本。 3. LINUX_64 Text-mode 特点: 这是一个仅提供文本模式的版本，专为不需要图形界面的用户设计。 适合对象: 如果你主要在命令行环境下运行 VMD 而不需要图形界面，选择此版本。适用于远程服务器或不依赖 GUI 的情况。 4. LINUX MIC-AVX512 Text-mode 特点: 针对 Intel Xeon Phi MIC 架构和 AVX-512 指令集优化，运行于文本模式，并支持 OSPRay 光线追踪。 适合对象: 如果你在 Intel Xeon Phi 微架构上运行，并且不需要图形界面，选择此版本。它利用了 Xeon Phi 的高并行计算能力。 5. LINUX MIC-AVX512, OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay 特点: 针对 Intel Xeon Phi MIC 架构的版本，支持 OpenGL、CUDA、OptiX 和 OSPRay，功能最全面。 适合对象: 如果你的系统配备 Intel Xeon Phi 并且需要图形加速、CUDA 支持和光线追踪渲染，选择这个版本。 6. LINUX OpenPOWER Text-mode 特点: 针对 IBM OpenPOWER 架构优化的文本模式版本，适用于不需要图形界面的环境。 适合对象: 如果你在 IBM OpenPOWER 系统上运行 VMD 且不需要图形界面，选择此版本。 目前主流的是Intel/AMD 64 位处理器，我们主要使用的就是VMD的图形界面， 因此我们下载 `vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz `_ 。 安装过程： step1 注册和下载可执行程序 `vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz `_ 。 百度网盘下载： 通过网盘分享的文件： `vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz `_ 链接：https://pan.baidu.com/s/1lJkvGF5t_u_Lz2nj2x37ZQ?pwd=y4h9 step2 解压程序 .. code-block:: console tar -vxzf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz cd vmd-1.9.3 step3 根据需要修改 configure 文件中的变量install_bin_dir 和 install_library_dir 默认是 $install_bin_dir="/usr/local/bin" 和 $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name" 如果你有root权限，希望安装安装的VMD给所有用户使用，则不需要修改configure 文件。 如果你没有root权限，则可以修改按照如下方式修改路径到你用户路径下面，假设用户名是zqchen .. code-block:: console $install_bin_dir="/home/zqchen/vmd1.9.3" $install_library_dir="/home/zqchen/vmd1.9.3/lib/$install_name" 建议使用root 权限安装, 不需要修改configure 文件。 step4 运行 **./confiure** 命令生成MakeFile文件 先尝试VMD的基本功能，仅仅配置最LINUXAMD64 必选项 1. ./confiugre LINUXAMD64。[建议] 2. 也可以同时配置其他功能，比如PYTHON ./configure LINUXAMD64 PYTHON。 3. 安装全功能的VMD, ./configure [建议] 第一次使用，可以仅仅配置LINUXAMD64 .. code-block:: console ./configure LINUXAMD64 cd src .. note:: 在**src文件**下就可以看到MakeFile文件。 step5 安装vmd .. code-block:: console sudo make install step6 配置环境 运行 vmd 添加安装路径 $install_bin_dir 到你的环境变量path中。 默认安装路径在环境变量PATH中。 .. code-block:: console vmd 我们可以看到VMD正常启动，包含3个窗口： 1. VMD OpenGL Display 窗口 2. VMD Main 窗口 3. VMD 命令窗口。 如下图所示。 .. image:: /_static/VMDwindows2024-09-22_093428.483961.png :align: center