常见问题解答

1. VMD中轨迹中键显示不正确，怎么处理？

加载GROMACS的.gro和.xtc文件时，结构文件如下图所示：

键的显示不正确，可能是由于周期性边界条件（PBC）导致的。 当分子或体系跨越了周期性边界框时，VMD会错误地根据原子间的距离猜测键，从而导致键线杂乱。 解决方法：

在VMD的命令行窗口，输入下面命令进行修正修正周期性边界。

pbc unwrap -sel "all"

这个命令会解开所有原子，使它们不再跨越周期性边界，避免错误的键线显示。