介绍

软件介绍

VMD是一款用于交互式可视化和分析生物聚合物（如蛋白质、核酸、脂质和膜）的可视化程序。 VMD可以在所有主要的Unix工作站、Apple MacOS X和Microsoft Windows上运行。 有关VMD的在线信息可访问：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

VMD主要功能:

  1. 分子可视化：制作精美的蛋白图片。

2. 分子动力学轨迹可视化：VMD支持多种动力学模拟软件的轨迹格式，如AMBER、Charmm、DLPOLY、Gromacs、MMTK、NAMD、X-PLOR等， 可以快速制作轨迹动画，绘制分子属性的变化，如角度、二面角、原子间距离或能量随时间的变化。

3. 体积数据可视化(Visualization of volumetric data),支持格式包括CryoEM图CryoEM maps、 电势图（electrostatic potential maps）、电子密度图（electron density maps）以及其他多种map文件格式。

  1. 交互式分子动力学模拟：VMD可以在MD模拟运行时交互地施加和可视化力。

5. 分析命令：提供了许多用于分子分析的命令，包括提取原子和分子信息的命令、坐标操作的向量和矩阵计算， 以及计算质心和回转半径等值的函数。

  1. 支持tcl和python脚本和编程：进一步拓展VMD的功能。

中文教程介绍

主要参考内容：

  1. VMD 官方教程PDF https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug.pdf
  2. VMD 官方在线教程 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/
  3. VMD 官方help教程 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd_help.html
  4. 项目实战，这个教程不仅仅是对官方教程的翻译，里面增加了笔者的使用经验。