.. _intro-basicManual: ===================== 基础教程 ===================== 主要讲述VMD常见的命令操作。 .. note:: 1.本节教程是有顺序的。 2.建议先阅读入门教程，再阅读基础教程。 3.所有的命令都支持tab键补全，提高效率。 4. VMD 有2个命令行窗口，一个是VMD的启动的启动窗口，一个是Extensions->TK console窗口。 5. 推荐使用 TK console窗口。 6. VMD 命令本质上是TCL language。 命令输入窗口 -------------------- VMD 有2个命令行窗口，一个是VMD的启动的启动窗口，一个是Extensions->TK console窗口。 推荐使用 TK console窗口。 .. image:: /_static/VMDwins2024-10-15_095310.362057.png :align: center .. note:: 注意可以把VMD当成一个TCL的模块,这样也可以在TCL脚本中调用所有VMD功能。 .. note:: 所见即所得是VMD的一个特色，所有鼠标操作都可以录制成命令。 参见VMD高级教程 `宏录制 < >`_ 。 .. note:: 输入命令，请用英文输入法； 忘记命令的名称 --------------------------------- .. note:: google 关键词“vmd command measure” 忘记命令的用法 ----------------------------------- .. note:: 方法一： 输入 "cmdname" 比如 "measure", "measure center" 方法二：google 关键词“vmd measure” 笔者倾向于使用命令框TK console，下面我将讲解一些常用的命令： 查看切换工作路径(pwd) ------------------------------ 默认打开和保存文件，都是在工作路径中。因此设定合适的工作路径，可以提供效率。 打开并启动VMD软件，查看和修改工作路径。 假设 D:/test 文件夹下有一个EtOH.mol2 文件，下面演示笔者喜欢的操作。 1. 命令 pwd; 查看工作路径； 2. 命令 cd D:/test; 切换工作路径到D盘下面的test文件夹。在执行命令前，确保D盘下面有test 文件夹。 3. 命令 pwd; 查看工作路径； 4. 命令 mol new; 加载分子； 如图所示： .. image:: /_static/pwdVMD2024-10-15_103036.719392.png :align: center 加载分子 mol new ---------------------- 这里以 ** PDB ID: `1OWY `_ ** 为例介绍， 1OWY.pdb 存放在 D:/test 目录下面。 .. code-block:: console >Main< (test) 15 % pwd D:/test >Main< (test) 16 % mol new 1OWY.pdb 8 >Main< (test) 17 % mol new 1owy.pdb 9 .. note:: 在windowns系统上文件名称不区分大小写 计算蛋白的中心 measure center ------------------------------------ 这里以 ** PDB ID: `1OWY `_ ** 为例介绍， 计算蛋白的几何中心 measure center $sel .. code-block:: console >Main< (test) 27 % mol new 1owy.pdb 11 >Main< (test) 28 % set sel [atomselect top "protein"] atomselect1 >Main< (test) 29 % measure center $sel 34.85237121582031 11.393967628479004 9.56042766571045 计算蛋白的质心 measure center $sel weight mass .. code-block:: console >Main< (test) 27 % mol new 1owy.pdb 11 >Main< (test) 28 % set sel [atomselect top "protein"] atomselect1 >Main< (test) 30 % measure center $sel weight mass 34.85234451293945 11.385374069213867 9.555062294006348 >Main< (test) 31 % 计算配体的中心 measure center ------------------------------------ 核心命令是 **measure center** 。 关键是 atomelect语法，选择感兴趣的配体原子 。 计算配体的几何中心 .. code-block:: console >Main< (test) 38 % mol new 1owy.pdb 13 >Main< (test) 39 % set ligPRY [ atomselect top "resname PRY" ] atomselect3 >Main< (test) 40 % measure center $ligPRY 27.018299102783203 7.100600719451904 3.5752999782562256 计算配体的质心 .. code-block:: console >Main< (test) 38 % mol new 1owy.pdb 13 >Main< (test) 39 % set ligPRY [ atomselect top "resname PRY" ] atomselect3 >Main< (test) 41 % measure center $ligPRY weight mass 27.041915893554688 7.121399402618408 3.5915112495422363 >Main< (test) 42 % 删除分子 mol delete ----------------------------------------------------------- 删除所有加载的分子 .. code-block:: console mol delete all 基于分子ID，删除不想要的分子，如下图所示，删除EtOH分子。 step1. 在分子列表窗口查看EtOH对应的分子ID是18；另外加载分子的时候，也会返回分子ID; step2. mol delete 18 .. image:: /_static/moldel2024-10-15_133546.303367.png :align: center 查找氨基酸残基的信息 ----------------------------------------------------- 查找110号氨基酸CA原子编号 .. code-block:: console set sel [atomselect top "resid 110 and name CA"] $sel get index 查找110号氨基酸残基的名称 .. code-block:: console set sel [atomselect top "resid 110 and name CA"] $sel get resname